В 1998 году вышла книга итальянского журналиста Луиджи Аккаттоли (Luigi Accattoli) "When a Pope Asks Forgiveness: The Mea Culpas of John Paul II" ("Когда папа просит прощения"), в которой описывались все извинения главы католической церкви. Понтифик извинялся в 1978 году, сразу после вступления на престол, перед итальянцами за плохое знание их языка. В 1982 году он извинился за "ошибки" инквизиции, впоследствии несколько раз осудил ее за "нетерпимость и даже насилие в служении правде". В 1984 году во время путешествия по Америке принес извинения за "грубые ошибки" миссионеров и насилие по отношению к индейцам. В 1985 году попросил прощения у африканцев за жестокое обращение с ними колонизаторов. В 1992 году публично принес извинения покойному Галилео Галилею, объявил решение инквизиции ошибочным и реабилитировал ученого, вернув ему "право быть законным сыном церкви". Затем были реабилитированы Джордано Бруно, Савонарола, Ян Гус и Мартин Лютер.
В 1995 году Иоанн Павел II обратился к женщинам мира и покаялся в соучастии церкви в их притеснении, принес извинения за несправедливость и дискриминацию в оплате труда, карьере и во всем, что относится к демократическим правам и обязанностям граждан. В 1995 году от имени католической церкви попросил прощения за зло, содеянное "братьям из других конфессий". В 1996 году извинился за то, что Ватикан слишком терпимо относился к фашизму и не боролся с ним всеми средствами. В 1997 году извинился за холокост, выразив сожаление, что "совесть христиан молчала под нацизмом и христиане не оказывали нужного духовного сопротивления преследованию евреев". В 1997 году в Париже попросил прощения у протестантов за Варфоломеевскую ночь. В том же году после концерта Боба Дилана (Bob Dylan) в Риме извинился перед рок-музыкантами и молодежью "за то запоздание, с которым церковь признает вашу музыку".
12 марта прошлого года папа провел торжественную мессу Mea Culpa в церкви Святого Петра в Ватикане, во время которой состоялось общее покаяние и "очищение памяти" в нетерпимости и насилии, совершенных в отношении инакомыслящих; покаяние в организации религиозных войн и крестовых походов, в насилии и жестокости, использованных инквизицией; покаяние в грехах, нарушивших единство христиан; осуждение прегрешений против евреев; покаяние в грехах против прав народов – неуважение к иным культурам и религиям; покаяние в прегрешениях против человеческого достоинства, против женщин, против отдельных рас и народностей; покаяние в прегрешениях против прав личности и против социальной справедливости. По словам папы, он "молит прощения у Бога за несправедливость, которую допустили за прошедшие столетия христиане".
В том же месяце у Стены Плача в Иерусалиме папа извинился перед иудеями за антисемитизм церкви. В октябре принес официальные извинения за ошибки католических миссионеров, работавших в Китае в период с 1648-го по 1930 год. Это произошло сразу после того, как ряд убитых китайцами миссионеров были причислены к лику святых, что вызвало негативную реакцию КНР.
В мае нынешнего года в Греции извинился за взятие и ограбление Константинополя, убийства мирных жителей участниками четвертого крестового похода в 1204 году и посетил мечеть, призвав мусульман и христиан к "взаимному прощению". Прибыв в Киев, попросил прощения за "ошибки, совершенные католической церковью в далеком и недавнем прошлом", а в нынешнем сентябре в Армении принес извинения вообще за ошибки, допущенные католической церковью на протяжении ее истории.